Google 自体が SSL通信を前提としているため、昨今では Google Analytics において実質的に検索キーワードは取得できないことになっています。Google Analytics からデータを取得して計算分析している Access Reporter™ では、当然この問題は解消できません。
Search Console を Google Analytics と同期していただい上で、Access Reporter™ をご利用いただければ、訪問までのデータは Search Console のデータを採用するようになるため、ある程度 (not provided) となってしまう状況を回避できます。
※ただし、コンバージョンしたキーワードについては、Google Analytics のデータに依存するため、ほとんどのキーワードが (not provided) となってしまうことは回避できません。