忘れてしまうと大変なHTTP/HTTPSの統一
Chrome をはじめとしたブラウザで、HTTP サイトでは警告が出るようになってきており、サイト全体を HTTPS とするケースが一般的になってきていますが、ここを正しく行っていないと、Google Analytics で問題が発生する事になります。

Analyticsビュー設定ウェブサイトのURLプロトコル
具体的には以下のようなことが Webサイトにある場合です。
- HTTPでもHTTPSでもアクセスしてもサイトが見えてしまう。
- HTTPでアクセスした際に強制的に HTTPS にリダイレクトするようになっているが、不完全で、HTTP でもアクセスできてしまうページがある。
- Google Analytics のビューの設定>ウェブサイトのURL の設定が、http:// になっているが、実際の Webサイトは https:// である(またはその逆の組み合わせ)。
いずれの場合も、アクセスされた数が正しくカウントされない(Google Analytics のウェブサイトのURL と合致しないアクセスが除外)ことになります。
他にも、レアケースですが、HTTP でアクセスされた際のリダイレクトを HTTPS に METAタグや Javascript で行っていたりする(あり得るとすれば「移転しました」というページを挟みたいときなど)と、参照元が正しく記録されないケースなどもありますので、ご注意ください。
以上のことが無いかを確認しておけば安心です。