Google Search Console クリック数の合計と検索クエリの合計が合わない!?

SearchConsole_検索パフォーマンス合計グラフ

落ち着いてください。仕様です。Google Search Console Help のフォーラムでもやりとりされていますが、Google の公式な回答としては、詳細の理由は教えてもらえないものの、「残念ながら合わないが正しい」そうです。
ただし、数が合わない理由の概要については、いくつか公式に触れられています。

  • 検索クエリの数が多いと、出力を省略します。
  • 検索クエリの回数が極めて少ない場合は、個別の検索クエリには数字をカウントしません。
  • 検索クエリに個人情報や機密情報が含まれている場合は、個別の検索クエリには数字をカウントしません。

 

特に2点目、クエリ回数が少ないと省略というのは、Google Analytics データサンプリングのようなものですね。計り知れないほど巨大なデータを集計するのを全件集計などしていられないので、これはやむを得ませんね。
これは、クリック数だけではなく、表示回数、平均CTR、平均掲載順位についても同じです。ただし、検索クエリ以外（ページや国など）については、比較的合計と個別が近い数値が出ます。

「実数でないと、信用できない！」と仰る方がいるかもしれませんが、統計的に妥当な範囲のデータであり、有用であることは間違いありませんので、そういうものだとして、活用されてください。
だって、他でこんなデータ採れないですから。