Search Console は Web サイトに複数実装できます。

検索キーワードを知ることができる貴重なツール Google Search Console。Web の集客を強化する上で欠かせないツールですが、皆さん、Search Console “URL プレフィックス” 最大のメリットを享受できていますでしょうか？
URL プレフィックス で作成した Search Console は、Google Analytics と連携できることが重要なポイントですが、もう一つ、URL を指定して作成できるということは、1つのサイトに複数の Search Console を導入できるということです。

地域、テーマ、品目など、複数の塊に分類できるコンテンツを 1 つの Web サイトで扱っている場合は、サイト全体をカバーする Search Console だけでなく、そのカテゴリ別にも Search Console プロパティを作成しておきましょう。
理由は簡単で、検索クエリやカバレッジ（Google に認識されているページ）リストを取得できる件数には、限りがあるためです。Web サイトの規模が大きくなれば、Search Console から取得できるデータは、全体を示さないものになってしまいます。
適切にコンテンツを切り分けた Search Console プロパティを持っておくことで、余さず知見を得ることができます。

もちろん、Search Console の複数導入に対応して、連携する Google Analytics のビューを増やしておくことも有効です。