Search Console のカバレッジに存在しないページが多数登録されている。。。

パラメータに対して canonical を設定し、ファイル名まででユニーク化が完結しているサイトでも、タイトルのように 404 ステータスとなるような存在しない URL が登録されているというケースがあります。
しかも、ディレクトリ階層が深い、やたらと長い URL であったりして、何かしらの悪意があるアクセスか！？と不安に感じるような状況だったりしませんでしょうか？分からないなりに検索してみたら、ディレクトリトラバーサルみたいな恐ろしい攻撃方法を見てより不安になってしまったり。

この場合、断定はできませんが、可能性として最も高いのは、ソースコード（HTML）上のアンカーミスです。相対パスで書くところを絶対パスで書いていたり、その逆であったりして、ディレクトリ階層が重複してしまっているようなコードがある可能性が高いです。
リンク切れチェックツールなどに掛けて、そうしたミスが無いかをまず確認しましょう。

と言いますか、同じような事は Google Analytics でも起ります。イレギュラーなことがあった場合、まずはリンク切れ（ページが存在しない URL へアンカー）がないか。robotes.txt や .htaccess などの設定にミスが無いかなど、自分のミスでないかを確認しましょう。