Google Search Console を開設する URL は厳密に！

Google Search Console のプロパティを作成する方法には、「ドメイン」と「URLプレフィックス」の 2 つがあります。
『Search Console ドメインプロパティ？URLプレフィックス？』で述べたとおり、Google Analytics と連携する際は、「URLプレフィックス」での作成が必要です。

「URLプレフィックス」の最大のメリットは、上述の通り Google Analytics と連携できることですが、厳密に対象（の範囲）を URL として規定するものであるため、思わぬ落とし穴にはまってしまうことがあります。
それは、HTTP と HTTPS の違いを間違って、あるいは、見過ごしてしまうことです。

よくある状況は『以前は HTTP だったが、昨今の流れで HTTPS に Webサイトを変更した際』です。
HTTP でアクセスしたら、Webサーバで HTTPS にリダイレクトしているから、Search Console も特に変更必要ないだろう。と考えたかもしれませんが、「URLプレフィックス」で作成した Search Console プロパティは、URL に対して厳格に対応します。
つまり、Webサーバでリダイレクトしていて、Google の検索結果に HTTPS が取得されたとしてもそれとは一切関係なく、HTTP で作成した Search Console プロパティは、未来永劫 http:// のアクセスのみを集計します。

HTTPS 対応を行ったならば、Search Console も忘れずに HTTPS の URL でのプロパティを作成し、Analytics との連携も変更してください。
連携については、『Google Analytics に Search Console を連携する』も参考になるかもしれません。